二者的区别是，前者指的是不知道说的是什么，后者指的是不知道下落。

不知所云的意思是，云：说。不知道说得是什么。形容说话内容混乱，无法理解。【出自】：三国·蜀·诸葛亮《出师表》：“临表涕泣，不知所云。”【示例】：这篇文章逻辑性太差，使人看了不知所云。

不知所踪的规范说法是不知所终，意思不知结局或下落。例句：他们有的命赴黄泉，有的身陷囹圄，有的不知所终，有的传为笑谈。